Het college van burgemeester en wethouders is verantwoordelijk voor het dagelijks bestuur van de gemeente. De uitvoering van het beleid ligt bij de gemeentelijke organisatie van de gemeente Pijnacker-Nootdorp.
Gemeentesecretaris
Aan het hoofd van de gemeentelijke organisatie staat de gemeentesecretaris, de heer drs. J.P.R. Woudstra. De secretaris is een belangrijke schakel tussen het college van burgemeester en wethouders en de gemeentelijke organisatie. Alle gemeentemedewerkers vallen onder de gemeentesecretaris, behalve de medewerkers van de griffie. Zij vallen onder de gemeenteraad. De gemeentesecretaris is verantwoordelijk voor het functioneren van de gemeentelijke organisatie en is voorzitter van het directieteam.
Directieteam
Het directieteam is verantwoordelijk voor het goed functioneren van de totale gemeentelijke organisatie en is het eerste aanspreekpunt voor burgemeester en wethouders. De gemeentesecretaris en de twee directeuren zijn lid van dit team.
Brandweer
De gemeentelijke brandweerkorpsen in de regio Haaglanden vallen per 1 januari 2010 onder bestuur van de hulpverleningsregio Haaglanden, omgedoopt tot VeiligheidsRegio Haaglanden (VRH).
De brandweer bezit een kazerne aan de Nootdorpseweg.